구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항 전문은 과점주주의 간주취득세에 관하여 ‘법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다.’고 정하고 있다. 여기에서 과점주주란 구 지방세법 제22조 제2호에 정한 바와 같이 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말한다.
과점주주는 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리․운용할 수 있는 지위에 있게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 다르지 않다고 보아 위와 같은 조항을 둔 것이다. 그러나 이미 해당 법인이 취득세를 부담하였는데 그 과점주주에 대하여 다시 동일한 과세물건을 대상으로 간주취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당할 수 있기 때문에, 모든 과점주주에게 간주취득세를 부과해서는 안 되고 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 사실상 지배할 수 있는 과점주주에게만 간주취득세를 부과하는 것으로 위 조항을 제한적으로 해석하여야 한다. 따라서 주주명부에 과점주주에 해당하는 주식을 취득한 것으로 기재되었다고 하더라도 그 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배할 수 없었던 경우에는 간주취득세를 낼 의무를 지지 않는다고 보아야 한다.
☞ 이 사건 회사의 50% 지분을 가진 원고가 주식 매수인인 A회사의 요청으로 자신의 명의로 나머지 지분에 해당하는 이 사건 주식을 취득하여 명의개서를 마침으로써 주주명부상 이 사건 회사의 과점주주가 되었으나, 불과 6일 후에 이 사건 주식을 포함한 이 사건 회사 주식 전부를 A회사에 양도한 경우, 원고가 이 사건 주식을 취득하여 그 주식 비율의 증가분만큼 이 사건 회사의 운영에 대한 지배권이 실질적으로 증가함으로써 간주취득세를 부담하는 과점주주가 되었다고 보기 어렵다고 판단한 원심 판단을 수긍한 사례
